Si bien estos religiosos no participaron en la evangelización de los indios —dicha tarea la asumieron los dominicos—, y durante los siglos XVI y XVII no atendieron ninguna parroquia, hacia 1703, y por razones que ignoramos, el convento de la Merced de Ciudad Real tenía a su cargo dos curatos que no estaban ubicados en Chiapas, sino en la vecina provincia de Huehuetenango. Las doctrinas en cuestión fueron las de Purificación Jacaltenango —que tenía su cabecera en el pueblo de ese nombre y como anexos los pueblos de Santa Ana Huista, San Antonio Huista, Santiago Petatán y Concepción Jacaltenango—, y la de San Pedro Soloma —con cabecera en el pueblo homónimo y cinco pueblos anexos: San Juan Ixcoy, Santa Eulalia, San Mateo Ixtatán, San Sebastián Coatán y San Miguel Acatán—.

A lo largo del siglo XVII, la organización territorial de los conventos dominicos de Chiapas conoció algunos cambios relevantes. En 1629, los frailes predicadores cerraron su convento de Copanaguastla debido al declive que este pueblo estaba sufriendo a causa de las epidemias traídas del Viejo Mundo, y se trasladaron a Socoltenango desde donde continuaron atendiendo a los curatos de indios localizados en el extremo sur de la Depresión Central. Tres décadas después, en 1659, los religiosos de santo Domingo decidieron establecer una vicaría en el pueblo de Chapultenango —es decir, un convento de menor jerarquía que los prioratos, cuyo titular, el vicario, era elegido por el provincial de la orden— con el propósito de poner a su cuidado algunas doctrinas que habían pertenecido al priorato de Tecpatán.

Posiblemente, este nuevo convento respondía al interés de los dominicos por aprovecharse de la importancia estratégica del pueblo de Chapultenango, en cuyos contornos se producían dos de los frutos de mayor valor comercial de todo Chiapas: la grana silvestre y el cacao. Asimismo, crearon otra vicaría en Tapijulapa, territorio de Tabasco, la cual dependía del priorato de Ciudad Real y tenía a su cargo los pueblos chiapanecos que habían sido adjudicados en un principio al convento de Oxolotán.

La eficiente organización territorial que habían construido los dominicos desde la década de 1540 —que les permitía administrar espiritualmente a la mayoría de los indios de Chiapas y aprovechar las capacidades productivas de las regiones más ricas de la provincia— sufrió un serio revés a inicios del siglo XVIII. En 1705, la Corona dispuso que los conventos habitados por menos de ocho frailes debían ser suprimidos. Presionados por las autoridades de Guatemala, los frailes predicadores no tuvieron más alternativa que cumplir con esta orden. Así, el convento de Ocosingo se anexó al de Ciudad Real, el de Socoltenango fue integrado al de Comitán; y los de Chapultenango y Tapijulapa pasaron a formar parte del de Tecpatán.

Con todo, la influencia de la orden dominica sobre los indios de la provincia de Chiapas fue indiscutible: para 1659, tenía a su cargo 25 doctrinas que, en conjunto, comprendían 82 pueblos, y esta estructura se mantuvo casi sin modificaciones hasta la década de 1770.

De hecho, los únicos cambios que los frailes predicadores introdujeron en su organización parroquial tuvieron como propósito ajustarla a las nuevas realidades sociales de los pueblos que atendían. Por ejemplo, la crisis demográfica que atravesaba el sur de la Depresión Central condujo a la extinción del curato de Coapa pues sus dos pueblos desaparecieron; también provocó el achicamiento del de Socoltenango, que quedó reducido sólo a ese pueblo tras la desaparición de Copanaguastla y Chalchitán; y dio como resultado la reconfiguración del de Soyatitán, cuya jurisdicción se extendió a los cada vez más pequeños pueblos de Escuintenango y Coneta, que antes habían constituido una parroquia independiente.

En otras partes de Chiapas ocurrió todo lo contrario. En vista del crecimiento poblacional y el auge económico de Zinacantán, los frailes predicadores decidieron crear una parroquia exclusivamente para este pueblo, de manera que los tres pueblos anexos que había tenido el antiguo curato de Zinacantán se reunieron en uno nuevo con cabecera en Ixtapa; y algo parecido ocurrió en la doctrina de San Bartolomé de Los Llanos, cuya demarcación se extendió al Valle de Cuxtepeques a fin de lograr una efectiva administración espiritual de las cientos de personas que estaban yéndose a vivir a las prósperas haciendas ganaderas que se localizaban en dicho valle.

En 1577, la orden de los frailes menores estableció su primer convento en Ciudad Real. A petición del obispo fray Pedro de Feria, los religiosos de esta nueva casa tuvieron a su cargo administrar espiritualmente a los naturales de los barrios de San Diego y San Antonio, ubicados en la periferia de dicha ciudad, así como a los del vecino pueblo de San Felipe. Poco después, el prelado los invitó a fundar un segundo convento para atender a la población del Valle de Huitiupán, región que los dominicos habían dejado al margen de su labor por las pocas posibilidades económicas que vieron en ella. Así, en 1589 fue fundada la Guardianía de Huitiupán, cuya cabecera se fijó en Asunción Huitiupán y su jurisdicción se extendió a otros seis pueblos: San Andrés Huitiupán, San Pedro Huitiupán, Santa Catarina Huitiupán, San Bartolomé Plátanos, Simojovel y Moyos.

Si bien los frailes menores ya no lograron crear nuevas guardianías, durante los siglos XVII y XVIII la jurisdicción de sus dos conventos logró crecer un poco gracias a la incorporación de algunos asentamientos. En 1611, el convento franciscano de Ciudad Real se hizo cargo de Bochil, pueblo que desapareció en las década siguientes, aunque sobre sus términos se fundó una hacienda que recibió ese mismo nombre y fue anexada al curato dominico de Jitotol.

Luego, en la década de 1770, al convento de Asunción Huitiupán se le encomendó el nuevo pueblo de Sabanilla, el cual se formó con indios que se hallaban dispersos en los valles intramontañosos del norte de Chiapas.

Durante los siglos XVI, XVII y gran parte del XVIII, las labores pastorales del clero secular en el territorio de la alcaldía mayor de Chiapas se desarrollaron tan sólo en dos beneficios y en el recinto de Ciudad Real.

El primer beneficio lo obtuvieron en 1584 por iniciativa del obispo fray Pedro de Feria. En ese año, el prelado logró que los dominicos cediesen al clero secular la administración espiritual de los pueblos del Valle de Jiquipilas. Este no fue un hecho fortuito, sino que estuvo pensado para que la catedral de Chiapas sacase provecho de una de las zonas económicamente más atractivas de la provincia. El enorme potencial ganadero que esta región poseía y su ubicación estratégica, ya que en ella convergían los caminos que conectaban a Chiapas con el Istmo de Tehuantepec y la parte occidental del Soconusco, hicieron posible que con el paso de los años este beneficio se convirtiese en una de las jurisdicciones eclesiásticas más ricas del obispado. A comienzos del siglo XVIII, las dos parroquias en que estaba dividido este beneficio —la de Ocozocoautla y la de Jiquipilas— tenían a su cuidado cinco haciendas que juntas albergaban más de 4 000 cabezas de ganado mayor.

El segundo beneficio secular se localizó en la parte norte de la provincia. Desde la década de 1580, los dominicos entregaron a los curas seculares la administración eclesiástica del pueblo de Palenque por considerar que estaba demasiado alejado de su convento de Ocosingo y que tenía muy pocos atractivos económicos. Siguiendo esta misma lógica, en 1595, los frailes predicadores cedieron al obispo fray Andrés de Ubilla otros tres pueblos relativamente cercanos a Palenque: Tila, Tumbalá y Petalcingo. A partir de estos cuatro asentamientos, los padres seculares fundaron un beneficio cuya cabecera se situó en el pueblo de Tila.

Con el paso de los años, el beneficio de Tila conoció una transformación demográfica y económica muy importante. Entre 1611 y 1691, el número de tributarios que habitaban sus cuatro pueblos pasó de 765 a 1 165. Este crecimiento poblacional mucho debió a la migración de indios —pero también de mestizos y españoles— que llegaban desde otros rincones de Chiapas y de Tabasco atraídos por el potencial económico del Valle del Tulijá, en el cual se podían sembrar hasta dos cosechas de maíz al año, criar ganado mayor y plantar cacao y algodón. Además, la red de ríos que serpenteaba dicho valle facilitaba el comercio con Tabasco y Campeche, lo que aumentaba notablemente las posibilidades de enriquecimiento para la gente que se asentaba allí o en los pueblos inmediatos. A fin de controlar de mejor forma a su feligresía en aumento, en 1679, el obispo de Chiapas decidió dividir el beneficio de Tila en dos parroquias. Una tuvo su cabecera en ese pueblo y como anexo el de Petalcingo; mientras que la sede de la otra estuvo en Tumbalá y se le asignaron como anexos Palenque y la pequeña estanzuela de la Playa de Catazajá, en cuyo puerto se registraba un constante movimiento de mercancías.

La configuración territorial del antiguo beneficio de Tila siguió cambiando a lo largo del siglo XVIII. Hacia 1794, las autoridades de la intendencia de Chiapas fundaron el pueblo de San Fernando Guadalupe del Salto de Agua con la finalidad de establecer un puerto fluvial que hiciese más cómodo y sencillo el copioso comercio que ya había entre Chiapas y Campeche. Dadas las buenas perspectivas económicas que existían sobre él, este poblado fue elegido como cabecera de una nueva parroquia que absorbió parte importante de la jurisdicción de Tumbalá. Así, el párroco de Salto de Agua se hizo cargo de la playa de Catazajá, donde la población había crecido gracias a la llegada de pardos, mulatos y mestizos, y del pueblo de Palenque, cuyo cura coadjutor fungía también como vicario de la misión de San José de Gracia de los Lacandones, una pequeña y efímera reducción que se creó en 1793 para tratar de convertir a los indios indómitos que aún vivían en la Selva Lacandona —aunque su ubicación nos es incierta sabemos que desapareció entre 1808 y 1810 luego de que sus pocos pobladores se dispersaron—. A finales del periodo colonial, Palenque y Catazajá se separaron de Salto de Agua para convertirse en una parroquia independiente.

De esta manera, para 1820, el antiguo beneficio de Tila se hallaba compuesto por cuatro curatos de muy buen tamaño: el de ese nombre, el de Tumbalá, el de Salto de Agua y el de Palenque.

La jurisdicción del clero secular dentro de Ciudad Real también creció. Durante los primeros 200 años del dominio español, la parroquia del Sagrario de la catedral de Chiapas se hizo cargo de la administración espiritual del recinto de Ciudad Real, es decir, de las manzanas que conformaban el centro de la urbe, que era donde vivía la élite española junto con sus criados indios y sus esclavos negros. Pero los cambios que experimentó la composición demográfica de la capital de Chiapas durante el siglo XVIII le permitieron a los seculares ampliar su jurisdicción. Así, éstos asumieron la cura de almas en los nuevos barrios de la Merced y Santa Lucia, los cuales se formaron entre las décadas de 1740 y 1780 con los mestizos, castizos, pardos y mulatos que se habían asentado en la ciudad.